✎ 衛生署頒發「經營衛生醫療援助工作績效卓越獎」嘉許台灣駐馬拉威醫療團。
✎ 疾病管理衛教室專責疾病追蹤及衛教工作，其工作成效獲得2004國家品質標章的肯定。

✎ 衛生署頒發感謝狀褒揚本院積極致力於拓展台灣國際衛生外交，推動國際合作衛生醫療計畫
✎ 本院駐馬拉威醫療團運用指紋辨識系統，辦認與登錄愛滋門診病患之醫學報告，登上國際頂尖醫學期刊「刺胳針Lancet」雜誌。
✎ 本院創始人挪威籍宣教士醫師傅德蘭，獲挪威國王頒授勳章，表彰其一生為海外醫療宣教的投注與奉獻。

✎ 本院國際醫療發展合作中心主任陳志成獲衛生署頒發三等衛生獎章，表彰其任職衛生署駐非洲代表期間拓展國際醫療合作的貢獻。
✎ 本院糖尿病病友組成的屏東縣甜園糖尿病之友協會，獲康泰基金會評選為醫院組全國優良糖尿病病友團體。
✎ 台灣駐馬拉威醫療團推動非洲馬拉威共和國各項衛生防治醫療工作，成效卓著，蒙外交部提名，入選衛生署疾病管制局95年度防疫獎勵--綜合防疫團體組獎項，獲衛生署頒獎褒揚。
✎ 本院胸腔內科主治醫師葉俊濬參加日韓胸腔影像學會舉辦的「全球網路影像診斷競賽」奪得2006年年度冠軍，獲縣長曹啟鴻表揚。

✎ 本院創始人挪威籍宣教士醫師畢嘉士，獲頒屏東縣第一張榮譽縣民證。
✎ 本院通過衛生署評鑑，評定為新制醫院評鑑優等醫院。

✎ 本院前馬拉威醫療團團長余廣亮投入愛滋病患照顧促進國際醫療，同時榮獲第十八屆醫療奉獻獎及衛生署三等衛生獎章。
✎ 本院居家服務及緊急生命連線通報系統獲評鑑特優。
✎ 本院志工團隊榮獲內政部2008年全國績優志工團隊優等獎。
✎ 本院創始人挪威籍宣教士醫師畢嘉士，獲挪威國王頒授St.Olav最高榮譽獎一等勳章，表彰其為海外醫療宣教的投注與奉獻。

✎ 本院承辦之屏東市部落健康營造中心榮獲2008年度原住民部落社區健康生活營優等獎。
✎ 本院檢驗科通過財團法人全國認證基金會ISO15189醫學實驗室認證。
✎ 本院通過癌症診療品質認證(B級)認證。
✎ 本院通過衛生署新制教學醫院評鑑榮獲優等。

✎ 本院資訊室通過ISO27001:2005資訊安全國際認證。
✎ 本院獲頒行政院勞工委員會九十九年度「友善職場」優良事業單位。
✎ 本院心臟內科以「新速實簡的洗腎廔管氣球擴張術」獲得國家生技醫療產業策進會2010年國家品質標章。
✎ 本院於衛生署國民健康局99年「糖尿病健康促進機構執行成效競賽」榮獲醫院級「傑出獎」，南台灣唯一。
✎ 本院社區醫學部榮獲屏東縣居家服務計劃評鑑優等。
✎ 本院獲頒行政院勞工委員會「友善職場」優良事業單位。
✎ 本院急診部通過行政衛生署「醫院緊急醫療能力分級評定」，當年為屏東地區唯一獲評為「中度級」之醫療機構。

✎ 本院榮獲第21屆國家品質獎。
✎ 本院通過國民健康局「全球無菸健康照護服務網絡認證」，榮獲金獎。
✎ 本院獲內政部幸福婚育企業優勝獎。
✎ 本院獲法務部100年推展犯罪被害人保護有功團體表揚。
✎ 本院榮獲第九屆國家公益獎。
✎ 本院榮獲第9屆「國家公益獎」肯定。
✎ 本院榮獲屏東縣政府100年度超額進用身心障礙者績優(非)義務機關(構)特優獎。

✎ 本院參加「健康100台灣動起來」，獲衛生署國民健康局頒發減重績優輔導團隊獎。
✎ 本院榮獲健保局100年度糖尿病醫療給付方案計劃品質卓越獎及品質進步獎第一名。
✎ 本院參與衛生署「醫療器材援助平台計畫」捐贈醫療設備援助未開發國家，獲衛生署頒獎表揚。
✎ 本院獲行政院衛生署及中央健康保險局頒發社區醫療服務績效卓著獎。
✎ 本院全方位無縫腎臟照護團隊榮獲2012國家品質標章。
✎ 本院及屏基護理之家落實節能減碳行動，成效績優，雙雙榮獲行政院環境保護署頒發「節能減碳行動標章」。

✎ 屏基護理之家通過101年度衛生署評鑑榮獲優等。
✎ 本院經台灣腎臟醫學會認證為腎臟病健康促進機構，效期至105年。
✎ 獲行政院原住民族委員會表揚為「促進原住民族社會發展有功團體－健康促進類」。
✎ 通過內政部友善建築評選，屏基護理之家榮獲特優友善醫療院所、本院則獲選友善醫療院所提供友善環境。
✎ 本院及瑞光院區通過衛生福利部、教育部「醫師及醫事人員類教學醫院」評鑑合格。
✎ 本院獲屏東縣縣長曹啟鴻頒發102年糖尿病共同照護網照護進步獎。
✎ 本院獲BSI英國標準協會頒發資安防護卓越管理獎，表揚個資法實施一年 來在個資保護有卓越管理表現的企業組織。
✎ 本院獲衛生福利部國民健康署認證為高齡友善健康照護機構，提供長者友善的醫療服務及環境。
✎ 本院獲衛生福利部頒發中心導管照護品質提昇推動計畫績優特殊表現獎－E學績優卓越醫院。
✎ 2013年「國家生技醫療品質獎」屏基護理之家以「用愛陪伴用心關懷－優質的機構式照護」榮獲護理照護服務類長照機構服務組銅牌獎，是本屆唯一獲獎的長期照護機構。
✎ 本院社區醫學部原住民健康促進中心以三地門長期照護服務，榮獲2013SNQ國家品質標章。
✎ 國際發展合作基金會感謝本院參與國際公共衛生醫療合作計畫貢獻卓著，特頒獎表揚。

✎ 本院通過國民健康署認證為母嬰親善醫院 (效期自104年1 月1日起至107年12月31日止)
✎ 榮獲「103年屏東縣母嬰親善醫院照護品質競賽總冠軍」
✎ 「103年屏東縣母嬰親善醫院照護品質競賽純母乳優等獎」
✎ 本院「嗶一下，找到他－國際首創低成本NFC防走失智慧手環」，榮獲2014SNQ國家品質標章
✎ 本院因協助辦理國際醫療衛生合作及人道援助相關計畫獲衛生福利部頒獎表揚
✎ 本院以「職場安全健康再飛揚計畫」及「在地健康老化-深耕三地門鄉長期照護服務」榮獲國民健康署健康促進醫院創意計畫選拔優等
✎ 本院參加國民健康署103年「提升糖尿病健康促進機構照護品質計畫」執行成果榮獲優等獎

✎ 國民健康署表揚母嬰親善績優醫療院所，本院榮獲特優獎
✎ 推動103年屏東縣「無菸醫院服務品質提升計劃」成果績優
✎ 103年提升急診暨轉診診品質計畫榮獲衛生福利部頒發特定緊急傷病患處置時效最佳獎
✎ 榮獲衛生署福利部國民健康署103年度「醫院癌症篩檢/診療品質提升計劃」縣市最佳合作夥伴獎
✎ 榮獲屏東縣政府衛生局103年屏東縣醫院組「糖尿病照護品質卓越獎」
✎ 本院參加國民健康署104年「提升糖尿病健康促進機構照護品質計畫」執行成果榮獲優等獎、新增收案數/收案率榮獲優等獎。
✎ 本院榮獲衛生福利部104年度醫院評鑑「優等」及通過醫師及醫事人員類教學醫院評鑑「合格」，連續三度獲此殊榮。
✎ 104年國健署醫院癌症篩檢診療品質提升計畫縣市最佳合作夥伴獎
✎ 104年國健署癌症篩檢診療品質提升計畫四癌疑癌追緝王區域醫院第一組第一名

✎ 105年屏東縣雇用身心障礙者績優單位特優獎
✎ 105年屏東縣衛生局愛滋防疫指定醫院
✎ 本院榮獲105年國健署健康促進醫院典範選拔優良獎
✎ 本院榮獲105年國健署健康促進醫院典範選拔組織再造獎
✎ 105年提升糖尿病健康促進機構照護品質計畫之執行成果榮獲優等獎
✎ 本院承辦屏東縣瑪家鄉長期照護服務據點榮獲105年度偏遠﹝含山地離島﹞及長期照護不足地區設置在地且社區化長期照護服務據點實地考評優等
✎ 本院承辦屏東縣三地門鄉長期照護服務據點榮獲105年度偏遠﹝含山地離島﹞及長期照護不足地區設置在地且社區化長期照護服務據點實地考評優等
✎ 本院建構高屏地區腦中風中心無縫接軌全人照顧榮獲SNQ國家品質標章通過認證
✎ 105年度癌品醫院癌症篩檢競賽榮獲屏東縣A組4項癌症及四癌院內篩檢王
✎ 本院經屏東縣長期照護管理中心辨理「105年度長期照顧老人暨身心障礙者居家護理服務」「105年度長期照顧居家式喘息服務」績效考核評值，評比列為績優單位

✎ 本院參加屏東縣106年度長期照顧居家式喘息服務績效榮獲屏東縣政府評比為績優
✎ 本院與7-ELEVEN合作推出的「智慧健康量測站」榮獲第十四屆國家新創獎
✎ 衛生福利部疾病管制署與財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會舉辦的106年「侵入性醫療處置照護品質提升計畫」本院榮獲團體表現卓越獎 第一名、區域團體卓越獎 第三名、實務操作競賽 第二類A組 第一名！
✎ 本院榮獲衛生福利部國民健康署「醫事機構戒菸服務補助計畫-戒菸服務品質改善措施」106年績優醫事機構

✎ 本院通過衛生福利部國民健康署母嬰親善醫療院所認證合格 (效期自108年1 月1日起至111年12月31日止)
✎ 本院經衛生福利部審查認證為「長照服務出院準備友善醫院」
✎ 本院二代戒菸服務榮獲屏東縣政府衛生局頒發「服務績優」
✎ 本院參加衛生福利部國民健康署107年提升腎臟病健康促進機構照護品質計畫榮獲特區域醫院優等獎
✎ 本院參加衛生福利部國民健康署107年提升糖尿病健康促進機構照護品質計劃之機構創新特色榮獲特優獎
✎ 本院參加衛生福利部國民健康署107年提升糖尿病健康促進機構照護品質計劃之執行成果榮獲特優獎
✎ 本院以「守護部落情‧堅持所愛─家庭托顧服務」榮獲2018 SNQ 國家品質標章長照類─長期服務組銅牌獎

✎ 本院原鄉工作團隊 榮獲第29屇 團體醫療奉獻獎
✎ 勞動部職業安全衛生署委託辦理職業傷害防治網絡醫院 本院獲頒創新表現優良

✎ 財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會 台灣臨床成效指標(TCPI) 本院榮獲品質深耕獎
✎ 本院以「守護部落情‧堅持所愛─家庭托顧服務」參加2019 SNQ 國家品質標章長照類─長期服務組 續審評鑑通過認證 有效期限：中華民國109年12月31日止
✎ 先進醫資股份有限公司、屏基醫療財團法人屏東基督教醫院 享健康AI智能防痠檢疫閘道參加第十七屇國家新創獎 企業創新獎／創新防疫科技類，經評鑑團評鑑獲獎
✎ 勞動部職業安全衛生署委託辦理職業傷害防治網絡醫院 本院獲頒創新表現優良

✎ 屏東基督教醫院榮獲原住民委員會110年進用原住民績優機關(構)特優獎
✎ 屏東基督教醫院馬拉威工作團隊 榮獲第31屇 團體醫療奉獻獎
✎ 本院經衛生福利部國民健康署審核通過為合格之人工生殖機構 有效期限：中華民國110年06月16日起至113年06月15日止